２００８年１０月から２００９年１月１５日まで、日本全国の有人離島約４００とその周辺の無人島を対象に、一般から候補の募集が行われた。これに対して、１４９の島（諸島・群島等での応募６件を除く）に関する５４７件の応募があった。なお、応募に際しては写真の添付が必要とされたが、写真は対象をより正確に伝えるためのものという位置づけであり、写真自体の質は評価の対象とされていない。
　選定は、『釣りバカ日誌』で知られる漫画家の北見けんいちを委員長とする選定委員会によって行われ、結果は２００９年４月１０日に発表された。

　因みに、映画『釣りバカ日誌９』のラストシーンは、下甑町手打の浜で撮影されました。防波堤沿いに“ハマちゃん”と“スーさん”の看板があります。